據一項針對結腸炎患者的臨床化驗研究顯示，結腸炎患者和健康人類糞便菌群相比，大腸桿菌、腸球菌等有害菌的數量顯著增加，而雙歧桿菌、乳酸菌等有益菌數量顯著減少，腸道內固有的“菌群微生態平衡”已經遭到嚴重破壞。

　　生物醫學專業人士表示，人體腸道內生活著兩種菌群，即有益菌與有害菌，有益菌如雙歧桿菌、乳酸菌，有害菌如大腸桿菌與葡萄球菌等。平時，有益菌和有害菌相互作用，相互制約，共同維護著腸道菌群“微生態平衡”，與人體和諧共處；然而，人體在長期生活規律差、飲食不當或營養不良等情況下，腸道內的“微生態平衡”就會被打破，因而腸道疾病就會瘋狂來襲。

　　專業人士表示，雙歧桿菌、乳酸菌等有益菌在保持優勢數量時，是能夠與腸黏膜細胞密切結合，在腸黏膜表面形成一層自然的生物學屏障，是可以Y效阻止有害菌及致病菌的定植和入侵的。然而，腸道環境發生改變，導致有益菌數量大幅度減少，有害菌則瘋狂繁殖，這層自然的菌群屏障就會損壞，其中一部分致病細菌就會趁機排出病毒素，隱藏在腸黏膜深處，則開始了肆無忌憚的腸體毀壞運動。當這些病毒素使腸道出現了水腫、潰瘍等癥狀發生時，那么人體就會患上每日痛苦不堪，并且難以消除的結腸炎。

　　困擾醫學界的是，究竟是哪種致病細菌排放的哪種病毒素還沒有被查明，這就是目前結腸炎病因未被查明的原因。此外，由于病毒素是隱藏在腸黏膜深處，因此抗生素藥物的藥力無法穿過腸粘膜殺死病菌，這也是藥物療法只能從表面上控制病情，而難以從根本上的原因。