1. 細(xì)胞結(jié)構(gòu)：古生菌與細(xì)菌的細(xì)胞結(jié)構(gòu)有很大的區(qū)別，細(xì)菌細(xì)胞壁由肽聚糖構(gòu)成，而古生菌的細(xì)胞壁中則沒有肽聚糖。古生菌和細(xì)菌的細(xì)胞膜化學(xué)成分也不同。

　　2. 生存環(huán)境：古生菌可以生存于極端環(huán)境下，如高溫、高壓、酸性、堿性、高鹽等極端條件，而細(xì)菌的生存環(huán)境相對比較溫和。

　　3. 基因組：古生菌的基因組與細(xì)菌的基因組也有很大的區(qū)別，古生菌的基因組相對較大，擁有許多的基因家族，而細(xì)菌的基因組相對較小。

　　4. 代謝途徑：古生菌和細(xì)菌的代謝途徑也不同，古生菌通過一些獨特的代謝途徑進(jìn)行能量產(chǎn)生，如甲烷發(fā)酵、硫酸鹽還原等，而細(xì)菌則主要通過糖分解、氧化還原等代謝途徑產(chǎn)生能量。

　　古生菌和細(xì)菌在細(xì)胞結(jié)構(gòu)、生存環(huán)境、基因組、代謝途徑等方面有很大的區(qū)別。