厚壁菌門包括了很多種不同的細菌，有些是有益菌，有些是有害菌，而有些則是中性菌，對人類和環境沒有明顯的影響。例如，厚壁菌門中的一些菌株可以用于制造發酵食品和藥品，具有益生菌的作用；而另一些菌則會引發食物中毒和其他疾病，具有有害菌的作用。不能簡單地將厚壁菌門歸納為有益或者有害菌。