細菌的命名法是由拉丁文單詞組成的雙名法（binomial nomenclature），也就是兩個名稱的命名法。第一個名稱是屬名（genus），第二個名稱是種名（species）。例如，大腸桿菌的學名是Escherichia coli，其中Escherichia是屬名，coli是種名。

　　屬名通常是以人名、地名、物種名或描述特征命名的。種名通常是描述細菌形態、特征、來源等的形容詞或名詞。

　　命名法的標準是由國際細菌命名委員會（International Committee on Systematics of Prokaryotes）管理，以確保所有新的細菌命名符合一致的標準。