功能性胃腸病的治療時間因病情嚴重程度、治療方法和個體差異而不同。輕度的功能性胃腸病，通過調整飲食習慣和生活方式，遵循醫生的建議，能在幾周到數月內緩解癥狀。中度和重度的功能性胃腸病需要更長的時間來治療，可能需要幾個月到一年的時間。在治療期間，患者應積極配合醫生治療，并根據醫生的建議進行復查，以確保病情得到改善。