腸道益生菌的使用時間因人而異，取決于個人腸道微生態狀況、身體健康狀況以及使用的益生菌種類和劑量等因素。一般建議使用至少連續一個月以上，有些人可能需要長期使用。停用時應逐漸減少劑量，以避免突然中斷對腸道微生態的影響。在醫生的指導下進行使用和停用。