人體內的細菌群落失去平衡，由于某種原因，某些細菌的生長受到抑制或者某些細菌過度生長，從而影響了人體的生理功能。常見的原位菌群失調包括腸道菌群失調、口腔菌群失調和皮膚菌群失調等。這可能會導致各種健康問題，例如消化不良、腸道炎癥、口臭、齲齒、痤瘡等。