內分泌紊亂可以影響腸道菌群的平衡，從而導致菌群失調。內分泌紊亂可能會影響腸道中激素的分泌和代謝，進而影響腸道菌群的生長和代謝，從而導致菌群失衡。例如，糖尿病患者常常出現胰島素抵抗和高血糖，這些病理狀態可以促進腸道中某些菌的生長，導致菌群失衡。類似地，甲狀腺功能減退癥患者常常出現膽固醇代謝異常，腸道中某些類固醇代謝菌群的數量和代謝產物也會發生改變，從而導致菌群失衡。內分泌紊亂可以間接引起腸道菌群失調。