紫洋蔥變藍的原因是由于含有的花色苷類化合物（anthocyanins）在酸性環境下發生了化學反應，產生了藍色的花色素分子。這種反應通常發生在切割、磨碎或壓碎紫洋蔥時，使得花色苷類化合物與空氣中的氧氣接觸，發生氧化反應而產生藍色化合物。紫洋蔥粗糙的表面也會刺激花色素的釋放和變色。