腸道菌群主要利用的營養物質包括：膳食纖維、碳水化合物、蛋白質、脂肪等。其中，膳食纖維是腸道菌群主要的能量來源，被菌群中的纖維素酶分解成短鏈脂肪酸，如丙酸、丁酸等，供給腸道上皮細胞能量，并參與調節腸道功能；碳水化合物、蛋白質和脂肪也是腸道菌群的重要營養來源，被分解為不同的代謝產物，如氨基酸、脂肪酸、氣體等，對腸道營養吸收和免疫調節起重要作用。