益生菌主要分布在大腸和小腸的粘膜表面和腸道內。其中，最多的益生菌主要分布在大腸中，包括雙歧桿菌、乳酸菌、放線菌等。而小腸中益生菌的數量較少，包括乳酸菌、嗜熱鏈球菌等。這些益生菌在腸道中可以協助消化食物，保持腸道 pH 值的穩定，增強腸道免疫功能，防止有害細菌侵入腸道等。