自養菌的營養來源是通過光合作用，從陽光或其他光源中獲得能量，并從空氣、水和無機鹽等無機物中提取碳和氮等元素，合成有機物質。自養菌利用光能將水分解成氧氣和氫離子，氫離子與空氣中的二氧化碳反應生成有機物質，如葡萄糖和氨基酸等。自養菌還可以利用一些無機化合物，如硝酸鹽、亞硝酸鹽和鐵等，進行化學合成，并獲得能量。自養菌主要通過光合作用和化學反應，從環境中吸收無機物質，產生能量和有機物質。