腸胃功能性紊亂的好轉速度因人而異。輕度的腸胃功能性紊亂可以自行緩解，時間通常為數周到數個月不等。如果癥狀嚴重或持續時間較長，則需要通過改變飲食習慣、生活方式、藥物治療等方式來治療。對于慢性腸胃功能性紊亂，需要進行長期的管理和治療。很多人需要終身維持健康的飲食和生活方式，以預防癥狀的復發。