腸道菌群主要存在于消化道，包括胃、小腸以及大腸。

　　胃中的菌群數量相對較少，主要是由口腔中的細菌進入胃中。胃酸能夠抑制菌群的生長，因此胃中的菌群相對較少且種類較少。

　　小腸中的菌群數量也比較少，主要是由膽汁、胰液和腸道黏膜的分泌物清洗掉。小腸的運動也有助于減少菌群的數量。

　　大腸是腸道菌群最為豐富和重要的棲息地。大腸中的菌群主要由產氣菌（如埃希菌和大腸桿菌等）和乳酸菌（如乳酸桿菌和雙歧桿菌等）組成。這些菌群對人體的健康起到重要作用，包括參與食物消化、合成維生素和酶、抑制病原菌的生長等。

　　腸道菌群主要存在于胃、小腸和大腸，其中大腸是菌群最為豐富的部位。