有機黃豆與無機黃豆之間沒有明顯的營養差異，但是有機黃豆的生產過程中不使用化學合成農藥和化肥，有助于減少對環境的污染，促進土壤和自然資源的保護。有機黃豆的生長周期和生長環境受到更嚴格的監管和管理，因此可能會更安全和健康。有機黃豆的成本通常比無機黃豆更高。