人的腸道菌群是從出生開始逐漸形成的。母體的陰道、乳汁和子宮內膜上皮受孕前都是微生物群落的棲息地，會被傳遞給新生兒。人類常接觸到的環境中也存在著大量的微生物，包括空氣、水、食物等等，這些微生物也可能影響腸道菌群的形成。除此之外，生活習慣、飲食結構、藥物使用等因素也會對腸道菌群的構成和變化產生影響。